.Previously unknown mechanism in precision RNA cleaving by Dicer enzyme revealed
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.Previously unknown mechanism in precision RNA cleaving by Dicer enzyme revealed
Dicer 효소에 의한 정밀 RNA 절단의 이전에 알려지지 않은 메커니즘이 밝혀졌습니다
김빛내리 IBS RNA 연구단장
저스틴 잭슨, Phys.org hDICER 및 hDICER-RNA 복합체의 정제. a, 구조 결정에 사용되는 pre-let-7a-1 GYM 의 서열 . b, 야생형 및 돌연변이 hDICER 단백질의 SDS–PAGE. c, 정제된 단백질의 크기 배제 크로마토그래피. d, 정제된 hDICER에 의한 pre-let-7a-1의 시험관 내 처리. e, hDICER-pre-let-7a-1 GYM 복합체의 크기 배제 크로마토그래피. f, 쿠마시 블루 염색으로 가시화된 hDICE-pre-let-7a-1 GYM 복합체의 SDS-PAGE. 각 분획에 대한 단백질 농도는 Bradford protein assay로 추정하였고, 각 분획에 동일한 양의 단백질을 로딩하였다. g, hDICER–pre-let-7a-1 GYM 의 Urea-PAGESYBR 금 염색으로 시각화된 복합체. 각 분획에 대한 RNA 농도는 260 nm에서의 흡광도에 의해 추정되었으며, 각 분획에 동일한 양의 RNA가 로딩되었습니다. 크레딧: 네이처 (2023). DOI: 10.1038/s41586-023-05723-3 MARCH 1, 2023
서울에 있는 기초과학연구원(IBS) RNA 연구단의 연구원들은 다이서 효소의 구조와 기능에 대한 중요한 새로운 통찰을 담은 연구를 발표했습니다. Dicer는 miRNA 및 작은 간섭 RNA(siRNA)의 생합성에 필요한 효소로, RNA 침묵 및 유전자 발현의 전사 후 조절의 동인이며, 신체의 단백질 생산에 대한 많은 검사 중 하나입니다. RNA 사일런싱은 이중 가닥 RNA를 Dicer에 의해 miRNA 및 siRNA로 효율적으로 처리해야 합니다. 이름에서 알 수 있듯이 Dicer는 더 큰 구조인 이중 가닥 RNA를 취하여 더 작은 기능 조각으로 자릅니다. Dicer 가공의 특이성은 이전에 부분적으로만 이해되었으며 일부 다이싱 활동은 기능적이지만 설명이 필요했습니다. "Sequence determinant of small RNA production by DICER"라는 연구는 Nature 저널에 게재되었습니다 .
현재 연구에서는 절단 부위 근처에서 "GYM 모티프"라고 하는 깊이 보존된 시스 작용 요소를 밝혀냈습니다. 즉, Dicer는 전구체 RNA 분자를 절단하여 miRNA를 생성할 때 RNA 내의 랜드마크(cis-조절 요소)를 사용하여 절단할 위치를 정확히 알 수 있습니다. 이 메커니즘을 통해 Dicer는 이전에 확인된 pre-miRNA의 5' 및 3' 끝에서 계산하는 "룰러"와 같은 메커니즘을 무시하고 일부 정밀 다이싱이 발생하는 방식에 대한 미스터리를 해결할 수 있습니다.
이 연구는 pre-miRNA 변이체와 인간 Dicer 효소(DICER1)를 사용한 대규모 병렬 분석을 사용했습니다. 연구원들은 GYM 모티프를 선택적으로 변경하고 이중 가닥 RNA를 처리하는 변형된 Dicer 효소의 능력을 평가했으며 이것이 "DIcer 매개 처리의 강력한 결정 요인"임을 발견했습니다. 손상되지 않은 GYM 모티프도 RNA 간섭을 개선했습니다.
https://scx2.b-cdn.net/gfx/video/2023/previously-unknown-mec.mp4
dsRBD 및 RIIID에 의한 줄기 인식. DICER의 C-말단 dsRBD는 촉매 계곡에서 dsRNA를 수용하기 위한 큰 구조적 변화를 보여줍니다. 절단 부위 근처에서 RNA 나선의 이 주요 홈이 확장되어 dsRBD와 RIIIDa 사이에 끼어 있습니다. GYM 모티프의 불일치는 dsRBD의 R1855에 의해 인식됩니다. 크레딧: 네이처 (2023). DOI: 10.1038/s41586-023-05723-3 분석은 또한 Dicer에서 암 관련 치환이 GYM 모티프의 인식을 방해한다는 것을 발견했습니다. 이 발견은 특정 암이 Dicer 수준의 증가 또는 감소와 관련이 있고 그 연관성이 현재 이해되지 않기 때문에 향후 조사에 매우 중요할 수 있습니다. 연구원들은 함께 그들의 발견이 "...DICER에 의한 기질 인식의 통합적이고 보존된 메커니즘을 밝히고 어떻게 DICER가 생물학적 및 치료적 조절을 위한 작은 RNA를 생산하는지 이해하기 위한 프레임워크를 제공한다"고 말했습니다.
추가 정보: Young-Yoon Lee et al, Structure of the human DICER-pre-miRNA complex in a dicing state, Nature (2023). DOI: 10.1038/s41586-023-05723-3 저널 정보: Nature
https://phys.org/news/2023-03-previously-unknown-mechanism-precision-rna.html
.Astral Alchemy: Researchers Synthesize Mysterious Exotic Baryon
별의 연금술: 연구원들이 신비한 이국적인 바리온을 합성하다
주제:하드론중성자 별중성자오사카대학입자 물리학인기 있는양성자 By 오사카 대학 2023년 2월 26일 추상 에너지 입자 물리학 천체 물리학 개념
-연구자들은 처음으로 Λ(1405)로 알려진 이색적이지만 수명이 매우 짧은 람다 공명을 성공적으로 합성했습니다. 오사카 대학의 과학자들은 이색적이고 매우 불안정한 입자를 생성하고 그 질량을 결정한 입자 가속기 실험의 일부였습니다. 이것은 초밀도 중성자별의 내부 작용을 더 잘 이해하는 데 기여할 수 있습니다. 입자 물리학의 표준 모델은 대부분의 입자가 쿼크라고 하는 6가지 기본 개체의 조합으로 구성되어 있다고 설명합니다.
그러나 아직 풀리지 않은 미스터리가 많이 있으며, 그 중 하나는 이국적이지만 덧없는 람다 공명인 Λ(1405)입니다. 이전에는 세 쿼크(위, 아래 및 기묘)의 특정 조합으로 여겨졌으며 그 구성에 대한 통찰력을 얻으면 중성자별의 극도로 밀도가 높은 물질에 대한 정보를 밝히는 데 도움이 될 수 있습니다. 이제 오사카 대학 의 연구자들은 K- 중간자와 양성자를 결합하고 복잡한 질량(질량과 너비)을 결정함으로써 처음으로 Λ(1405)를 합성하는 데 성공한 팀의 일원이었습니다 .
K – 중간자는 기묘 쿼크와 업 반쿼크를 포함하는 음전하를 띤 입자입니다. Λ(1405) 합성에 사용되는 반응의 개략도 중수소 핵 내부에서 발생하는 양성자(진한 파란색 원)와 K-(녹색 원)을 융합하여 Λ(1405)를 합성하는 데 사용되는 반응의 개략도. 크레딧: Noumi Hiroyuki
우리에게 익숙한 물질을 구성하는 훨씬 더 친숙한 양성자는 두 개의 업 쿼크와 하나의 다운 쿼크를 가지고 있습니다. 연구자들은 Λ(1405) 가 3쿼크 들뜬 상태가 아니라 K-중간자와 양성자 의 일시적 결합 상태로 가장 잘 생각된다는 것을 보여주었다 . 최근 Physics Letters B 에 발표된 연구에서 이 그룹은 J-PARC 가속기에서 수행한 실험을 설명합니다. K – 중간자는 각각 하나의 양성자와 하나의 중성자를 가진 중수소 표적에 발사되었습니다. 성공적인 반응에서 K- 중간자 는 중성자를 쫓아내고 양성자와 융합하여 원하는 Λ(1405)를 생성합니다. " K- 중간자와 양성자의 결합 상태의 형성은 중성자가 에너지의 일부를 가져갔기 때문에 가능했습니다."라고 이 연구의 저자인 Kentaro Inoue는 말합니다.
이국적인 바리온이라 불리는 Λ(1405) Λ(1405)라고 불리는 이국적인 바리온과 물질의 진화를 도식화한 그림. 크레딧: Noumi Hiroyuki Λ(1405)에 대해 과학자들을 당혹스럽게 했던 측면 중 하나는 업 쿼크보다 거의 40배 무거운 이상한 쿼크를 포함하고 있음에도 불구하고 전체 질량이 매우 가볍다는 것입니다. 실험 중에 연구팀은 붕괴 생성물의 거동을 관찰함으로써 Λ(1405)의 복잡한 질량을 성공적으로 측정할 수 있었습니다.
별의 연금술 연구 그래프 (위) 측정된 반응 단면. 가로축은 질량 값으로 변환된 K- 및 양성자 충돌 반동 에너지입니다. 큰 반응 이벤트는 K- 및 양성자 질량의 합보다 낮은 질량 값에서 발생하며, 이는 자체적으로 Λ(1405)의 존재를 암시합니다. 측정된 데이터는 산란 이론(실선)으로 재현되었습니다. (하) K의 분포 –및 양성자 산란 진폭. 제곱하면 반응 단면적에 해당하며 일반적으로 복소수입니다. 계산된 값은 측정된 데이터와 일치합니다. 실수부(실선)가 0을 교차하면 허수부의 값이 최대값에 도달합니다. 이것은 공명 상태에 대한 일반적인 분포이며 복잡한 질량을 결정합니다. 화살표는 실제 부분을 나타냅니다. 크레딧: 2023, Hiroyuki Noumi, d(K – ,n)πΣ 반응 에서 측정된 Λ(1405)의 극점 위치 , Physics Letters B
또 다른 연구 저자인 Shingo Kawasaki는 "이러한 유형의 연구에서 진전이 중성자 별의 핵심에 존재하는 초고밀도 물질에 대한 보다 정확한 설명으로 이어질 수 있을 것으로 기대합니다. "라고 말했습니다. 이 작업은 Λ(1405)가 쿼크 4개와 반쿼크 1개로 구성되어 총 5개의 쿼크를 만드는 비정상적인 상태이며, 입자가 쿼크 3개 또는 쿼크 1개와 반쿼크 1개를 갖는 기존의 분류에 맞지 않음을 의미합니다. 이 연구는 빅뱅 직후 우주의 초기 형성과 물질이 정상적인 조건에서 볼 수 있는 것보다 훨씬 더 많은 압력과 밀도를 받을 때 어떤 일이 일어나는지에 대한 더 나은 이해로 이어질 수 있습니다.
참조: S. Aikawa, S. Ajimura, T. Akaishi, H. Asano, G. Beer, C. Berucci
2022년 12월 20일,물리학 편지 B . DOI: 10.1016/j.physletb.2022.137637 이 연구는 일본 과학 진흥회, 문부과학성에서 자금을 지원했습니다.
https://scitechdaily.com/astral-alchemy-researchers-synthesize-mysterious-exotic-baryon/
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메모 2303021107 나의 사고실험 oms 스토리텔링
쿼크는 스핀분모가 (xyz,012)/3이다. 샘플링 oss.oser의 기본단위가 sper(xyz),mser(012)이다. 이들이 샘플링 oss.base를 만들어냈다. 빅뱅사건의 질량과 시공간의 확산을 설명한다. 그들의 공명현상이 magicsum.base이다.
그러면 스핀분모가 (xy,01)/2이면 어떤 아원자일까? oser의 내부에는 2x2격자에 1234~1212 분절된다. 그러면 이들이 중간자를 설명할 수 있을까?
중성자는 2-1-1/3= 0을 가진다. 그리고 부호만 달리하여 -2+1+1/3=0을 가지면 중성자가 두개의 0값을 가진 동일한 중성자로 볼 수 있는 중첩상태일까? +-(0)으로 중간자, 반중간자가 될까? 혹시 더 복잡한 스핀들 /4,/5,/6, /789들은 존재할 수 있지 않을까? 혹시 빅뱅이 사건이전과의 스핀 아원자 람다 공명현상을 가진 상태로 ()정의역 설정 할 수 있는 게 아닐까?
-Researchers have successfully synthesized, for the first time, an exotic but extremely short-lived lambda resonance known as Λ(1405). Scientists at Osaka University were part of a particle accelerator experiment that created an exotic and highly unstable particle and determined its mass. This may contribute to a better understanding of the inner workings of superdense neutron stars. The Standard Model of Particle Physics explains that most particles are made up of combinations of six basic entities called quarks.
However, there are still many unsolved mysteries, one of which is the exotic but ephemeral lambda resonance Λ(1405). Previously thought to be a specific combination of three quarks (up, down and weird), gaining insight into their composition could help reveal information about the extremely dense matter of neutron stars. Now, researchers at Osaka University were part of a team that succeeded in synthesizing Λ(1405) for the first time by combining a K-meson with a proton and determining its complex mass (mass and width).
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memo 2303021107 my thought experiment oms storytelling
A quark has a spin denominator of (xyz,012)/3. The basic unit of sampling oss.oser is sper(xyz),mser(012). They created sampling oss.base. Explain the mass of the Big Bang event and its spread in space-time. Their resonance phenomenon is magicsum.base.
Then, if the spin denominator is (xy,01)/2, what subatomic is it? Inside the oser, 1234~1212 are segmented in a 2x2 grid. So, can they explain the middleman?
Neutrons have 2-1-1/3 = 0. And if -2+1+1/3=0 with only the sign different, is it a superposition state in which the neutron can be seen as the same neutron with two zero values? Will +-(0) become a middleman or a half-middleman? Perhaps more complex spindles /4, /5, /6, /789 could exist? Could it be possible to set the ()domain in a state where the Big Bang has a spin subatomic lambda resonance phenomenon with the pre-event?
Samplea.oms (Standard)
B0ACFD 0000E0
000AC0 F00BDE
0C0FAB 000e0d
E00D0C 0B0FA0
F000E0 B0DAC0
D0F000 CAE0B0
0b000f 0EAD0C
0DEB00 AC000F
CED0BA 00F000
A0b00e 0dC0F0
0ACE00 DF000B
0F00D0 e0bc0a
Sampleb. Qoms (Standard)
0000000011 = 2,0
0000001100
0000001100
0000010010
0001100000
0101000000
0010010000
0100100000
2000000000-mser.2
000000001
Sample B. POMS (Standard)
Q0000000000
00Q00000000
0000Q000000
000000Q0000
00000000q00
0000000000q
0Q000000000
000Q0000000
00000q00000
0000000q000
000000000q0
Sample C.OSS (Standard)
zxdxybzyz
zxdzxezxz
xxbyyxzzx
Zybzfxzy
CADCCBCDC
CDBDCBDBB
XZEZXDYYX
zxezybzyy
bddbcbdca
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