.DNA Barcoding Reveals Cancer Cells’ Ability To Evade Immune System Defenses

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.DNA Barcoding Reveals Cancer Cells’ Ability To Evade Immune System Defenses

DNA 바코드는 면역 체계 방어를 회피하는 암세포의 능력을 보여줍니다

DNA 바코드 종양 퇴행

주제:유방암암DNA GARVAN INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH 2022년 11월 7 일 DNA 바코드 종양 퇴행 각 컬러 리본은 DNA 바코드를 나타냅니다. 종양이 진화함에 따라 일부 암세포가 종양을 지배하게 되며 주황색과 빨간색 리본으로 표시됩니다. 이것은 이러한 암세포가 기존에 면역 체계를 벗어날 수 있는 능력을 가지고 있으며 치료 후에도 계속 성장할 수 있음을 보여줍니다. 크레딧: Garvan Institute of Medical Research

DNA 바코드를 사용하여 시간이 지남에 따라 암세포를 추적함으로써 과학자들은 암 내의 세포가 면역 체계 방어를 피할 수 있는 다양한 능력을 가지고 있음을 보여줍니다. Garvan Institute of Medical Research의 새로운 과학 연구에 따르면, 일부 암세포는 면역 체계의 방어를 회피하고 면역 요법 치료에 저항하기 위해 병렬 메커니즘을 사용할 수 있습니다. 유방암 세포는 킬러 T 세포의 작용을 억제하고 파괴를 위해 종양 세포를 표시하는 면역 체계의 능력을 방해함으로써 복제 및 전이할 수 있다고 연구자들은 발견했습니다.

"유방암은 일반적으로 면역 요법에 잘 반응하지 않는다는 것을 알고 있으며, 유방암 세포가 면역 체계를 벗어날 수 있도록 하는 고유한 메커니즘이 있는지 궁금했습니다."라고 부교수의 박사 과정 학생인 Ms. Louise Baldwin이 말했습니다. Garvan에 있는 Alex Swarbrick의 연구실. 이 연구를 위해 과학자들은 알려진 서열로 세포에 태그를 지정하고 시간이 지남에 따라 종양 세포의 진행을 추적하는 DNA 바코드라는 기술을 사용했습니다.

-"우리는 면역 체계를 탈출하고 면역 요법으로 치료를 피할 수 있는 희귀 암세포가 있음을 보여주었습니다"라고 Baldwin은 말합니다. 이 메커니즘은 종양 세포가 적응하고 퍼지는 것을 막는 치료법의 잠재적 표적으로 사용될 수 있습니다. 또 다른 미래 응용은 예후가 될 수 있는데, 여기서 많은 수의 세포가 어떤 환자가 면역 요법에 충분히 반응하지 않을 수 있는지를 나타낼 수 있습니다.

-새로운 연구는 오늘(11월 7일) Nature Communications 저널에 게재될 예정 입니다. 이 비디오에서는 Alex Swarbrick 교수가 연구에 대해 설명합니다. 면역 요법은 많은 암에 대한 효과적인 치료법이지만 일부 사람들의 경우 암세포가 면역 체계 방어를 능가하도록 진화합니다. 이 과정을 면역편집이라고 합니다.

-종양 세포와 면역 세포 사이의 상호 작용으로 인해 많은 암 세포가 면역 체계에 의해 파괴되지만 일부는 감지되지 않은 채로 남아 계속 성장하고 퍼집니다. 연구자들은 한 세대의 세포에서 다음 세대로 전달되는 서열인 알려진 DNA '바코드'로 태그가 지정된 마우스 유방암 세포를 사용했습니다. 팀은 바코드를 사용하여 더 공격적이고 내성이 있는 세포가 어디에서 왔는지 찾을 수 있었습니다. 원래 세포로 다시 추적하여 성장했는지 축소했는지 확인할 수 있기 때문입니다. “주저자인 Simon Junankar 박사는 암세포가 몸을 웅크리고 엮는지에 상관없이 저항성이 적응력이 있는지, 아니면 면역 체계를 회피하도록 미리 프로그램되어 있는지 이해하고 싶었습니다.

알렉스 스와브릭

https://youtu.be/qnUkFQV-TDE

알렉스 스와브릭 알렉스 스와브릭 교수. 크레딧: Garvan Institute of Medical Research

Garvan의 암 프로그램에서 동적 세포 생태계.

-연구팀은 치료 전에도 암세포가 다양화되었음을 발견했다. "일부 세포는 이미 면역을 회피하는 능력을 획득했습니다. 즉, 면역 체계를 피할 수 있는 타고난 능력이 있습니다."라고 그는 말합니다. 세포는 병렬 접근 방식으로 이를 수행하는 것으로 보입니다. 한 가지 방법은 일반적으로 해로운 세포를 파괴하는 킬러 T 세포의 작용을 억제하는 것입니다. 다른 하나는 면역 체계가 유해한 세포를 인식하는 플래그 역할을 하는 세포에서 MHC1의 발현을 줄이는 것입니다. Swarbrick 부교수는 "대부분의 종양 세포는 면역 체계가 켜지면 사라지지만 일부는 계속 성장하고 확장합니다. "종양은 계속 진화하고 다양화되고 면역 체계의 작용이나 화학 요법과 같은 치료는 나무를 가지 치기와 같습니다. 암세포는 사라지지만 나무에 남아있는 가지는 계속 자랍니다." 과학자들은 또한 세포의 유전학을 조사했지만 관련이 있는 유전자는 발견되지 않았습니다. 이것은 후성 유전학이 작용할 수 있음을 시사합니다.

참조: "DNA 바코드는 전이 진행 및 면역 요법 반응 동안 클론 암 집단의 지속적인 면역 편집을 나타냅니다" 2022년 11월 7일, Nature Communications . DOI: 10.1038/s41467-022-34041-x 부교수 Swarbrick은 UNSW 시드니의 의학 및 보건 학부의 St Vincent's Clinical School의 겸임 부교수입니다. 이 연구는 국립 유방암 재단(NBCF)의 연구 보조금으로 지원되었습니다. Louise Baldwin은 호주 정부 연구 훈련(RTP) 급여의 지원을 받고 Swarbrick 부교수는 NHMRC로부터 연구 펠로우십을 받습니다. 우리는 추천합니다 맞춤형 면역 요법은 전이성 유방암을 치료하는 데 잠재적으로 사용될 수 있습니다.

https://scitechdaily.com/dna-barcoding-reveals-cancer-cells-ability-to-evade-immune-system-defenses/

 

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메모 2211080522 나의 사고실험 oms 스토리텔링

암세포가 면역체계를 회피하는 경로가 존재하는 게 분명하다. 그 이유는 암세포의 확산은 비정상적인 값을 지니고도 확산될 수 있음을 샘플c.oss.anti_base를 통해 입증할 수 있다.

면역체계가 DNA 교정과 암세포의 파괴를 시도하지만, 시간차에 틈새가 존재하여 확산일로에 있는 암세포는 일부 사라지지만, 나무에 남아있는 가지는 계속 자라기도 한다.

마치 진공상태의 우주에서 별이 파괴되어 확산하는 잔해들이 또다른 요인들을 만드는 것을 예상 할 수 없거나 제어할 수 없는 것과 유사하다. 이미 벌어진 쏟아진 물을 되돌려 주워담을 수 없는 것과 유사하다. 허허.

Sample a.oms (standard)
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000ac0 f00bde
0c0fab 000e0d
e00d0c 0b0fa0
f000e0 b0dac0
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0b000f 0ead0c
0deb00 ac000f
ced0ba 00f000
a0b00e 0dc0f0
0ace00 df000b
0f00d0 e0bc0a

sample b.qoms(standard)
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0000010010
0001100000
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0010010000
0100100000
2000000000
0010000001

sample b.poms(standard)
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00q00000000
0000q000000
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000000000q0

sample c.oss(standard)
zxdxybzyz
zxdzxezxz
xxbyyxzzx
zybzzfxzy
cadccbcdc
cdbdcbdbb
xzezxdyyx
zxezybzyy
bddbcbdca

May be an image of 1 person

-"We have shown that there are rare cancer cells that can escape the immune system and avoid treatment with immunotherapy," says Baldwin. This mechanism could be used as a potential target for therapies that prevent tumor cells from adapting and spreading. Another future application could be prognosis, where a large number of cells may indicate which patients may not respond sufficiently to immunotherapy.

-The new study will be published today (November 7th) in the journal Nature Communications. In this video, Professor Alex Swarbrick explains the research. Immunotherapy is an effective treatment for many cancers, but in some people, cancer cells evolve to outperform the immune system's defenses. This process is called immunoediting.

- Due to the interaction between tumor cells and immune cells, many cancer cells are destroyed by the immune system, but some remain undetected and continue to grow and spread. The researchers used mouse breast cancer cells tagged with known DNA 'barcodes', sequences that are passed from one generation of cells to the next. The team was able to use barcodes to find where the more aggressive and resistant cells were coming from. This is because you can trace back to the original cells to see if they have grown or shrunk. “Lead author, Dr. Simon Junankar, wanted to understand whether resistance is adaptive, whether cancer cells curl up and weave, or whether they are preprogrammed to evade the immune system.

-The research team found that cancer cells diversified even before treatment. "Some cells have already acquired the ability to evade immunity, which means they have an innate ability to evade the immune system," he says. Cells appear to do this in a parallel approach. One way is to inhibit the action of killer T cells, which normally destroy harmful cells. The other is to reduce the expression of MHC1 in cells that act as a flag for the immune system to recognize harmful cells. "Most tumor cells disappear when the immune system is turned on, but some continue to grow and expand," Swarbrick said. . The cancer cells go away, but the branches that remain on the tree continue to grow." Scientists also looked at the genetics of the cells, but found no related genes. This suggests that epigenetics may be at work.
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memo 2211080522 my thought experiment oms storytelling

It is clear that there are pathways by which cancer cells evade the immune system. The reason is that it can be verified through sample c.oss.anti_base that cancer cells can spread even with abnormal values.

Although the immune system tries to correct DNA and destroy cancer cells, there is a gap in time, so some cancer cells in the path of spread disappear, but the branches remaining on the tree continue to grow.

It's akin to unpredictable or uncontrollable destruction of stars in a vacuum universe and the spread of debris to create other factors. It is similar to being unable to pick up spilled water that has already been opened. haha.

Sample a.oms (standard)
b0acfd 0000e0
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f000e0 b0dac0
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sample b.qoms(standard)
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sample b.poms(standard)
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sample c.oss(standard)
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zxezybzyy
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.New quasiparticle discovered in moiré patterns

모아레 패턴에서 발견된 새로운 준입자

모아레 패턴에서 발견된 새로운 준입자

오스틴에 있는 텍사스 대학의 호르헤 살라자르(Jorge Salazar) 모아레 초격자의 재구성. 크레딧: 네이처 (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-04991-9 NOVEMBER 7, 2022

하나의 와이어 메쉬를 다른 메쉬 위에 올려놓고 들여다보면 두 메쉬의 중첩 격자에 의해 형성된 모아레 패턴이라는 더 큰 패턴을 볼 수 있습니다. 이는 상대적으로 꼬인 각도에 따라 달라집니다. 새로운 재료를 개발하는 과학자들은 원자적으로 얇은 재료를 중첩하여 모아레 패턴을 적극적으로 연구하고 있습니다.

이는 비전통적인 초전도 및 강자성을 포함하는 흥미로운 전자 현상을 생성합니다. 슈퍼컴퓨터 시뮬레이션은 과학자들이 이중층 모아레 시스템에서 전기적으로 중성인 준입자인 엑시톤( exciton ) 이라고 불리는 새로운 종류의 전자 현상을 밝히는 데 도움이 되었습니다.

예를 들어 특정 반도체 및 기타 재료에 빛을 비추는 것입니다. 새로 발견된 엑시톤은 전자가 홀에 결합되어 있지만 시트에서 특징적인 거리만큼 서로 분리되어 있는 전이 금속 디칼코게나이드 라고 하는 이국적인 반도체의 2차원 시트에서 모아레 패턴에 의해 생성되었습니다 . 이것은 층내 전하 이동 여기자(intralayer charge-transfer exciton)로 명명되었으며, 그러한 여기자는 개별 시트에 존재하지 않기 때문에 과학자들에게는 놀라운 일이었습니다.

연구는 광섬유 및 레이저와 같은 새로운 광 센서 및 통신 기술의 개발에 사용될 수 있습니다. 새로운 여기자 발견 "이 연구에서 우리는 전이 금속 디칼코게나이드 물질의 원자적으로 얇은 두 층에 의해 형성된 모아레 초격자에서 예상치 못한 층 내 전하 이동 특성의 새로운 여기자를 발견했습니다."라고 캘리포니아 대학의 저명한 물리학 교수인 Steven G. Louie가 말했습니다.

Berkeley(UC Berkeley) 및 Lawrence Berkeley National Laboratory(LBNL)의 선임 교수 과학자입니다. Louie는 Nature 저널에 2022년 8월에 게재된 연구의 교신저자입니다 .

-여기에서 과학자들은 모아레 시스템과 모아레 엑시톤을 설명하는 데 사용되었던 기존의 매개변수화된 모델을 뛰어 넘는 컴퓨터 모델을 개발했습니다. 대신, 그들은 모아레 초격자 단위 셀의 3,903개 원자의 정체와 초기 위치로 시작하는 초기 계산을 수행했습니다.

첫 번째 원칙 Louie는 "이것은 경험적 피팅이 필요하지 않기 때문에 재료 특성 을 정확하게 예측하는 강력한 방법입니다 ."라고 덧붙였습니다. 특히 모아레 시스템의 엑시톤 상태와 광학적 특성을 계산하기 위해 가장 정확한 예측 방법 중 하나로 간주되는 최첨단 GW + Bethe-Salpeter 방정식(GW-BSE) 접근 방식을 사용했습니다.

재료의 광학적 특성. 게다가 Louie와 동료들은 시스템에서 여기자의 다양한 전자 및 광학 응답을 예측하기 위해 계산을 사용했습니다. 그들은 실험 동료인 Emma C. Regan, Zuocheng Zhang, UC Berkeley의 Feng Wang 교수와 함께 일했습니다. 간단히 말해서 Wang과 동료들은 재료에 빛을 비추고 반사된 빛을 분석하여 시스템이 다양한 조건에서 충돌하는 광자에 어떻게 반응하는지 확인했습니다. 물론, 그들은 측정에서 층 내 전하 이동 여기자의 뚜렷한 특징을 찾아 이론적인 예측 을 검증했습니다.

모아레 패턴에서 발견된 새로운 준입자

엑시톤 연구에 사용되는 슈퍼컴퓨터: TACC의 Frontera(왼쪽 위)와 Stampede2(오른쪽 위). 크레딧: TACC. NERSC의 Cori(하단 패널). 크레딧: NERSC

TACC 지원으로 극복한 컴퓨팅 문제 UC Berkeley 및 LBNL의 Louie 교수와 함께 일하는 박사후 연구원인 Mit Naik 연구 공동 저자는 "GW-BSE 방법은 매우 정확하지만 계산적으로 매우 어렵습니다."라고 말했습니다. 엑시톤 시뮬레이션의 어려움은 어려운 6차원 적분을 여러 번 풀어야 하고, 개별 층의 많은 단위 셀로 구성된 모아레 단위 셀의 크기가 크기 때문에 모아레 초격자에서 적분이 방대하다는 것입니다. 한 레이어는 25x25, 다른 레이어는 26x26입니다. 일반적인 GW-BSE 계산은 단위 셀에 최대 100개의 원자로 구성된 시스템에서 수행됩니다. 여기에서 저자들은 무려 3,903개의 원자에 대한 계산이 필요했습니다.

Naik은 "처음에는 거의 불가능해 보였습니다. 주저 없이 과학자들은 정확도를 잃지 않으면서 계산 비용을 백만 배나 줄이는 새로운 방법에 도전했습니다. Naik은 "우리는 계산적으로 훨씬 더 간단한 3개의 원자 적분에 대한 합으로 각 층의 2,000개 원자 적분을 근사화하는 방법을 찾았습니다."라고 말했습니다. 순수 단위 셀 매트릭스 투영(PUMP) 방법이라고 하는 그들이 개발한 이론적인 기술은 다층 모아레 초격자의 중간층 또는 하이브리드 모아레 여기자, 재료의 얕은 결함 등과 같은 다른 재료 시스템을 연구하기 위해 일반화될 수 있습니다.

TACC(Texas Advanced Computing Center)는 TACC의 Frontera 슈퍼컴퓨터에 대한 대규모 리소스 할당을 통해 Steven Louie의 최첨단 재료에 대한 첫 번째 원칙 연구를 지원했습니다. 그는 또한 Advanced Cyberinfrastructure Coordination Ecosystem: Services & Support(ACCESS)(이전에는 Extreme Science and Engineering Discovery Environment(XSEDE))를 통해 만들어진 TACC의 Stampede2 슈퍼컴퓨터에 대한 할당을 받았습니다. 계산에서 원자 수의 한계를 뛰어넘기 위해 연구원들은 처음에 Frontera에서 대규모 모아레 계산을 실행하는 데 몇 가지 문제에 직면했습니다. Naik은 "우리는 이러한 문제를 해결하는 데 도움을 준 TACC의 연구원들로부터 지원을 받았습니다."라고 회상했습니다.

https://scx2.b-cdn.net/gfx/video/2022/new-quasiparticle-disc.mp4

-두 개의 단층 전이 금속 디칼코게나이드 결정의 수직 적층은 더 긴 주기성을 갖는 모아레 초격자를 유도합니다. 모아레 단위 셀은 검은색 실선으로 표시됩니다. 출처: Steven G. Louie, UC 버클리 예를 들어, Quantum Espresso라는 표준 밀도 기능 이론(DFT) 패키지를 사용하여 Frontera에서 지상 상태 속성의 대규모 시뮬레이션을 실행할 수 없었습니다. DFT 패키지. TACC 컨설팅 팀은 이전 버전의 더 안정적인 컴파일러를 설치하여 문제를 해결할 수 있는 방법을 찾았습니다. "이것은 우리가 이 작업에 들어간 WSe2 모아레 초격자의 전자 구조를 계산할 수 있게 해주었습니다."라고 Naik이 말했습니다. Naik은 "Frontera 및 Stampede2 하드웨어는 최첨단 노드 간 연결과 각 노드에 충분한 메모리를 제공함으로써 우리의 요구 사항을 효율적으로 충족시켰습니다."라고 덧붙였습니다. 과학 영향 "우리가 두 개의 단층을 인공적으로 쌓아서 발견한 층내 전하 이동 엑시톤은 원자 구조와 모아레 시스템에서 가능한 엑시톤 유형의 매우 강력한 상호작용을 밝혀냈습니다."라고 Louie가 말했습니다.

-"이것은 원하는 특성을 위한 재료 공학을 발전시키는 중요한 단계입니다." 빛이 전하 이동 여기자를 생성하면 표준 Wannier 유형 여기자보다 외부 필드 또는 다른 섭동으로 더 쉽게 왜곡되거나 해리될 수 있기 때문입니다. 이러한 고려 사항은 새로운 광학 센서 및 전기 광학 변조 나노 장치와 같은 많은 기본 현상 및 잠재적 응용 분야에서 중요합니다. "그것이 바로 우리가 지금 실험 동료들과 함께 작업하고 있는 것입니다."라고 Louie가 말했습니다.

연구 공동 저자인 스탠포드 대학 재료 과학 및 공학과 조교수인 Felipe Jornada는 "재료의 여기자 특성은 우리가 일상 생활에서 접하는 많은 광학 및 광전자 장치 및 센서의 기본 원리를 형성합니다."라고 말했습니다. 및 SLAC 국립 가속기 연구소의 수석 연구원입니다. 그는 유기 반도체에서 엑시톤의 재결합으로 인한 발광을 이용하는 OLED TV와 디스플레이의 예를 들었다. 또한 새로운 스마트워치는 고급 광학 센서를 사용하여 착용자의 혈중 산소 농도를 모니터링합니다. "기존 장치를 넘어서, 우리가 연구하고 있는 이러한 물질의 전이 금속 디칼코게나이드 및 이종 구조는 실리콘 이후 나노 스케일 광전자 장치를 위한 유망한 재료 플랫폼으로 간주됩니다. 앞으로, 우리는 이것이 새로운 것을 향한 유망한 경로가 될 것이라고 믿습니다. 센서, 디스플레이 및 기술"이라고 Jornada는 말했습니다. 추가 정보: Mit H. Naik et al, 반 데르 발스 초격자의 층내 전하 이동 모아레 여기자, Nature (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-04991-9 저널 정보: 네이처 텍사스 대학교 오스틴 제공

https://phys.org/news/2022-11-quasiparticle-moir-patterns.html

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메모 2211080451 나의 사고실험 oms 스토리텔링

샘플a.oms.vixer는 abcdef로 조합된 oms.field이다. 이들이 또다른 층을 이루고 모아레 패턴을 가질 수도 있다. 그러면 초격자의 엑시톤 버전, 준입자군을 발현할 것이다. 허허. 그런데 이미 샘플b.qoms에서는 준입자 버전을 a+a=1+2a로 기본설정하여 다양한 버전(2a,3a,2a+300000000000000b0,...)의 초준입자군 특이점 단위를 샘플b.poms 초거대 소수버전으로 생성할 수 있음을 ()정의역으로 이미 설정한 바 있다. 허허.

우주에는 이미 이러한 모아레 패턴의 껍데기들이 시공간을 형성하여 토폴로지를 구현하면서 준입자의 새로운 물질들은 다양하게 발현하고 있었다. 허허.

Sample a.oms (standard)
b0acfd 0000e0
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sample b.qoms(standard)
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sample b.poms(standard)
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sample c.oss(standard)
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May be an image of 3 people

-The vertical stacking of two monolayer transition metal dichalcogenide crystals leads to a moiré superlattice with longer periodicity. Moiré unit cells are indicated by solid black lines. Berkeley For example, it was not possible to run large-scale simulations of ground state properties in Frontera using a standard density functional theory (DFT) package called Quantum Espresso. DFT package. The TACC consulting team found a way to solve the problem by installing an older version of the more stable compiler. "This allowed us to calculate the electronic structure of the WSe2 moiré superlattice we entered into this work," said Naik. "The Frontera and Stampede2 hardware efficiently met our requirements by providing state-of-the-art node-to-node connectivity and ample memory for each node," Naik added. Scientific Impact "The intralayer charge-transfer excitons we discovered by artificially stacking two monolayers revealed a very strong interaction of atomic structure and possible exciton types in the moiré system," said Louie.

-"This is an important step in advancing materials engineering for desired properties." This is because when light generates charge-transfer excitons, it can be distorted or dissociated more easily with external fields or other perturbations than standard Wannier-type excitons. These considerations are important for many fundamental phenomena and potential applications, such as novel optical sensors and electro-optically modulated nanodevices. "That's what we're working with right now with our lab colleagues," Louie said.

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memo 2211080451 my thought experiment oms storytelling

The sample a.oms.vixer is oms.field assembled with abcdef. They may form another layer and have a moiré pattern. This will give rise to an exciton version of the superlattice, a quasi-particle cluster. haha. However, in sample b.qoms, the quasi-particle version defaults to a+a=1+2a, and various versions (2a,3a,2a+300000000000000b0,...) of the quasi-particle cluster singularity units are sampled b.poms supergiant. We have already set the () domain to be able to create a decimal version. haha.

In the universe, new materials of quasi-particles were being expressed in various ways while these moiré-patterned shells formed space-time and realized the topology. haha.

Sample a.oms (standard)
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sample b.qoms(standard)
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sample b.poms(standard)
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sample c.oss(standard)
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